[00359271]生物信息网上实验室WebLab

项目概述生物信息网上实验室WebLab(),是一个可以提供生物学数据管理和数据获取、文献管理以及生物信息计算资源等在线服务的整合平台。用户可以通过浏览器访问WebLab提供的用户界面，进行各种操作，例如用户只需要点击几下鼠标，就可以提交包含多个生物学计算任务的工作流请求，完成复杂的分析任务流程，有效屏蔽底层平台复杂性。应用范围1)WebLab可以为生物学研究者提供生物学数据管理和数据获取、文献管理以及生物信息计算资源等在线服务。2)WebLab采用分布式系统构架，已部署了包括EMBOSS、BLAST、Phylip、HMM、ElectronicPCR等238个常用生物信息分析程序；收集了SequenceManipulationSuite以及jalview等流行的轻量级在线小工具；提供系统树构建和蛋白质功能预测等实用分析流程，并对用户自定义工作流提供良好支持，不仅整合的分析工具多，并努力做到各个工具之间的无缝衔接。3)在用户数据空间方面，WebLab为用户提供MyData存放分析数据；提供MyLiterature为用户提供文献管理，同时提供对不同格式全文检索；通过MyToolBox方便用户对常用工具进行管理。对于用户数据全部提供基于web的注释系统，并允许用户通过标签为各种空间提供不同视图。4)WebLab的另一大特色在于数据和知识共享。用户在WebLab上面存放的数据、文献以及自己定制的分析流程均可以用户或工作组为单位进行共享，极大方便了科研小组团队合作。技术特点和技术优势1)WebLab架构灵活，既可以安装到一台服务器上，满足单个实验室的具体需求，也可以采用分布式架构，部署到多台服务器上来支持大规模的应用。2)WebLab已部署了包括EMBOSS、BLAST、Phylip、HMM、ElectronicPCR等238个常用生物信息分析程序；收集了SequenceManipulationSuite以及jalview等流行的轻量级在线小工具；提供系统树构建和蛋白质功能预测等实用分析流程，并对用户自定义工作流提供良好支持，不仅整合的分析工具多，并努力做到各个工具之间的无缝衔接。3)WebLab通过SOA协议框架与后台计算环境无缝整合，并集成了来自EBI，NCBI，DDBJ等国际著名生物信息中心的多个WebService服务，丰富了WebLab的计算资源。4)WebLab支持用户自定义工作流(workflow)，不仅整合的分析工具多，同时通过一组自适应规则，努力做到各个工具之间的无缝衔接。为了方便用户的日常分析工作，WebLab还提供系统树构建和蛋白质功能预测等实用分析流程。5)WebLab支持用户数据及分析结果的在线管理，提供基于web的注释系统，并通过标签(Tag)支持多种视图(View)。6)与国际同类系统相比，WebLab首次提供了完善的文献管理支持，用户可以对多种格式的文献进行全文检索，并支持与EndNote、BibTeX及NCBIPubMed等多个常用文献管理系统之间的导出/导入操作。7)WebLab对基于工作组的知识共享(Teamwork-basedknowledgesharing)提供了全面的支持，用户在WebLab上面存放的数据、文献以及自己定制的分析流程均可以以用户或工作组为单位进行共享，极大方便了科研小组团队合作。技术水平国际先进水平，相关研究文章已发表在Nucl.Acid.Research杂志(SCI影响因子6.8)；分发版本已安装在瑞典UppsalaUniversity及中国农业科学院，得到了国内外相关领域研究人员的高度认可。