按照《国务院关于深化中央财政科技计划（专项、基金等）管理改革方案的通知》（国发[2014]64号）和部际联席会议要求，转基因生物新品种培育重大专项积极稳妥推进管理改革试点工作。
根据民口国家科技重大专项管理改革的要求，转基因专项首次通过统一的国家科技计划项目申报中心（国家科技管理信息系统公共服务平台，网址
http://program.most.gov.cn）发布2016年度课题申报指南，开展网络申报。此前，科技部重大专项办公室会同发改委高技术司、财政部教科文司等有关司局，切实将综合管理服务工作前移，与转基因专项实施管理办公室对申报指南内容、在线申报流程进行了充分沟通。